Nem sok változtatás észlelhető a 2005-ös Yamaha R6-oson külsőre. A belsejében azonban annál mélyrehatóbb átalakítások történtek. Mindez a teljesítmény növelése és a jobb kezelhetőség érdekében történt. A blokk nagyobb torokátmérőjű befecskendező rendszert, átdolgozott befecskendezési és gyújtási térképet, új vezérműtengelyeket és áttervezett beömlő traktust kapott, amely 3 lóerő teljesítménynövekedést jelent a csúcson, és több lóerőt végig a teljes fordulatszámskálán.

Azért a gép többi része sem maradt érintetlen. Újak a 41 mm-es fordított teleszkópvillák és áttervezésre került a váz és a lengővilla kapcsolódási rendszere. A 310 mm-es féktárcsák szintén nagyobbak az elődnél és most radiális féknyergek biztosítják a nagyobb fékezőhatást. Nem csak lent, hanem fent is radiális a főfék-munkahenger. A motor formája nem változott jelentős mértékben, az első lámpákat és az alsó idomot érte el a tervezők ceruzája.